El club fue fundado un 7 de agosto de 1924 bajo el nombre de "Federación Universitaria de Fútbol" por un grupo de jóvenes estudiantes de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos y de las Escuelas Especiales de Ingeniería y Agronomía, en la calle Juan De La Coba 106, Lima.
El Campeonato Peruano de fútbol del Perú jugado el año 1929 tuvo trece equipos participantes. Federación Universitaria logró el primer lugar obteniendo su primer título de Primera División. Alianza Lima fue descalificado después de 7 partidos jugados por no ceder a sus jugadores a la selección pero no perdió la categoría.
El 29 de noviembre de 1931, debutó en el club a los 18 años de edad Teodoro Fernández Meyzán, mejor conocido como Lolo Fernández en un encuentro internacional ante el Deportes Magallanes de Chile. En ese encuentro, Lolo anotó de cabeza el gol del triunfo de la U.
La Federación Universitaria de Fútbol se cambia el nombre por Club Universitario de Deportes.
El Campeonato Peruano de Fútbol del Perú jugado el año 1934 tuvo nueve equipos participantes. El campeón de este torneo fue el Club Universitario de Deportes. Los goleadores de la temporada fueron Teodoro Fernández Meyzán y Jorge "Campolo" Alcalde, ambos con 10 goles. De esta manera "Lolo" Fernández consiguió por primera vez ser el goleador de la Primera División del Perú por tres años consecutivos.
El Campeonato Peruano de fútbol jugado el año 1939 tuvo ocho equipos participantes con el sistema de todos contra todos en dos ruedas. Resultando campeón Universitario de Deportes. El goleador del torneo fue Teodoro Fernández Meyzán.
La Temporada 1941 de la Primera División del Perú, la máxima categoría del fútbol peruano, fue jugado por 8 equipos. El campeón nacional fue Universitario. Ningún equipo descendió pues el Campeonato de Promoción fue anulado siendo los cuatro equipos invitados al Campeonato de 1942.
La temporada 1945 de la Primera División Perú, la máxima categoría del fútbol peruano, fue jugado por 8 equipos. El campeón nacional fue Universitario que también tuvo la delantera más efectiva, logrando 49 goles, y terminaron los hermanos ‘Lolo’ y ‘Lolin’ Fernández como los máximos anotadores.
La Temporada 1946 de la Primera División del Perú, la máxima categoría del fútbol peruano, fue jugado por 8 equipos en tres ruedas. El campeón nacional fue Universitario.
El Campeonato de Selección y Competencia 1949 fue la temporada número 23 de la Primera División del Perú. Ocho equipos participaron en el campeonato que se jugó en tres ruedas. El campeón fue Universitario.
Teodoro Fernández Meyzán se retiró del fútbol profesional el 30 de agosto de 1953 a la edad de 40 años, enfrentando en el recién inaugurado Estadio Nacional del Perú al clásico rival, el Alianza Lima, al que derrotaron por marcador de 4:2 con tres goles de Lolo.
El Campeonato Peruano de Fútbol de 1959 fue la trigésima tercera edición del Campeonato Peruano de Fútbol. El campeón fue Universitario de Deportes que obtuvo su octavo título.
El Campeonato Peruano de Fútbol de 1960 fue la trigésima cuarta edición del Campeonato Peruano de Fútbol. El campeón fue Universitario de Deportes que obtuvo su noveno título.
En el torneo participaron diez clubes. Principalmente se enfrentaron en partidos de ida y vuelta bajo la modalidad de todos contra todos. Después de esto los equipos se dividieron en 2 grupos de 5 equipos: top 5, según los resultados de la primera ronda, jugaron entre sí por el título y los otros cinco jugaron para el descenso. El campeón fue Universitario de Deportes que obtuvo su décimo título.
Para el Campeonato Descentralizado de 1966, la Federación Peruana de Fútbol invitó a cuatro clubes provincianos para el torneo de ese año. El formato era enfrentamientos de ida y vuelta de todos contra todos. Los dos primeros iban clasificados a la Copa Libertadores de 1967.
Para el Campeonato Descentralizado de Fútbol Profesional del Perú de 1967, participaron 14 equipos. El formato era enfrentamientos de ida y vuelta de todos contra todos. Los dos primeros iban clasificados a la Copa Libertadores de 1968. Para el descenso, los dos últimos de la tabla general perdían la categoría.
Los equipos llevaban sus registros en la temporada regular y jugó una ronda adicional (5 y 7 partidos más, respectivamente). Un partido de playoffs por 2º lugar (de clasificación para la Copa Libertadores de América) era necesario. El campeón nacional fue Universitario.
En el Campeonato Descentralizado de 1971, se admitió a cuatro equipos de la Segunda categoría (Copa Perú en las provincias y Segunda división en caso de Lima), volviendo al antiguo campeonato de 16 equipos. Las bases establecían que los tres últimos perderían la categogría y los dos primeros irían representando al Perú a la Copa Libertadores de 1972.
La Copa Libertadores 1972 fue la decimotercera edición del torneo de clubes más importante de América del Sur, organizado por la Confederación Sudamericana de Fútbol, en la que participaron equipos de diez países sudamericanos: Argentina, Bolivia, Brasil, Chile, Colombia, Ecuador, Paraguay, Perú, Uruguay y Venezuela.
Para el Campeonato Descentralizado de Fútbol Profesional del Perú de 1974, participaron 22 equipos. El formato era enfrentamientos de ida y vuelta de todos contra todos.
El recinto se estrenó el 27 de diciembre de 1974 y para ello se organizó un cuadrangular con los equipos Independiente de Argentina, Nacional de Uruguay, Universitario de Deportes y Alianza Lima de Perú. Alzandose con la copa el cuadro crema tras derrotar a los del Río de la Plata.
El Descentralizado 1982 fue la LVI edición del torneo. Dieciséis equipos compitieron en el torneo. La temporada fue dividida en varias etapas. El campeón fue Universitario. El campeón y el subcampeón clasificaban automáticamente a la Copa Libertadores 1983.
El Campeonato Descentralizado 1985 fue la LIX edición del torneo en el que participaron treinta equipos. El campeón nacional fue Universitario.
El Campeonato Descentralizado 1987 fue la LXI edición del torneo, fue jugado con treinta equipos. La temporada comenzó en 1987 y terminó a inicios de 1988. El campeón nacional fue Universitario luego de derrotar a su eterno rival en el play-off.
El Campeonato Descentralizado de 1990 se realizó bajo el formato de los Campeonatos Regionales. Se disputó en tres etapas: 1er Regional, 2do Regional y la Final. A su vez cada Regional se dividía en las etapas Zonal, Octogonal y Liguilla. Durante la etapa zonal los equipos se agrupaban en cinco zonas según su ubicación geográfica (Metropolitana, Norte, Sur, Oriente y Centro).
El Campeonato Descentralizado del año 1992 fue el primer certamen realizado después del fin del sistema de los Campeonatos Regionales.
El Campeonato Descentralizado 1993 fue la LXVII edición del torneo. Participaron 16 equipos. El campeón fue Universitario.
El Campeonato Descentralizado de Fútbol Profesional del Perú se llevó a cabo entre los meses de febrero y diciembre de 1998. 12 Equipos participaron, Universitario de Deportes se coronó campeón nacional, Sporting Cristal subcampeón.
El Campeonato Descentralizado de Fútbol Profesional del Perú se llevó a cabo entre los meses de febrero y diciembre de 1999. 12 Equipos participaron, Universitario de Deportes se coronó campeón nacional, Alianza Lima subcampeón.
El Campeonato Descentralizado de Fútbol Profesional del Perú se llevó a cabo entre los meses de febrero y diciembre de 2000. Participaron 12 equipos. Universitario de Deportes se coronó campeón nacional, porting Cristal subcampeón.
La obra se proyectó desde el año 1989 como un complejo deportivo en el que, además del estadio en sí mismo, se pudiera contar con espacios para otras actividades y usos del Club Universitario de Deportes. El 16 de enero de 1991 se colocó la primera piedra, y el terreno se compró el 18 de octubre 1994; finalmente el estadio completamente construido fue inaugurado el 2 de julio de 2000, con la victoria de Universitario de Deportes por 2:0 frente a Sporting Cristal, en un encuentro válido por el Torneo Apertura de ese año.
Este histórico tanto tuvo una narración especial por parte de Daniel Peredo, quien en ese entonces trabajaba en radio. En pleno relato dijo: “se viene el gol del año” y efectivamente, ese tanto de ‘Beto’ Carranza terminó siendo elegido como el mejor del campeonato y la narración pasó a los archivos del fútbol nacional.
El Torneo Apertura fue el primer torneo de la temporada 2002 del Campeonato Descentralizado de fútbol profesional. Se inició el viernes 22 de febrero y finalizó el domingo 7 de julio. Se jugó en la modalidad "todos contra todos" en dos ruedas, resultando campeón Universitario de Deportes, equipo que venció a Alianza Lima en partidos extra, dado que igualaron en puntos al término de la última fecha. Con esto, Universitario obtuvo un cupo para la Copa Libertadores del siguiente año.
El 6 de abril de 2005 se realizó un encuentro de despedida en el Estadio Monumental. Miles de hinchas y algunos ex-jugadores invitados le tributaron una despedida, donde se formaron dos equipos: Amigos del Puma y Estrellas Internacionales, todos con la tradicional casaquilla n.°. 22 que caracterizó al Puma.
El Campeonato Descentralizado de la Primera División de fútbol profesional del Perú, fue la 93º edición de la Liga Peruana y la "cuadragésima cuarta" que se realiza bajo la denominación de Descentralizado. Adjudicandose como campeón Universitario de Deportes tras ganarle en ambos partidos finales de ida y vuelta al Alianza Lima.
El campeón de esta primera edición fue el Club Universitario de Deportes de Perú, que llegó a la final luego de vencer a su clásico rival Alianza Lima con un marco lleno de público en el Estadio Monumental de Lima, para pasar a jugar con Boca Juniors al que también derrotó adjudicandose la primera Copa Libertadores Sub 20.
Su solo nombre es sinónimo de gol y fidelidad. Han transcurrido cien años de su nacimiento; sin embargo, el legado futbolístico de Teodoro Fernández Meyzán, "Lolo", todavía perdura como aquellos cañonazos que deslumbraron en la década de 1930 y parte de la de 1940 con su amada camiseta de Universitario y la selección nacional.
Universitario de Deportes y Real Garcilaso ganaron sus respectivas liguillas, por tal motivo se enfrentaron a fin de año para definir al Campeón Nacional, resultando ganador el equipo crema, que de esta manera sumó su vigésimo sexto título en Primera División. Asimismo, Universitario batió récord histórico de taquilla en la historia del fútbol peruano.
Universitario de Deportes y Alianza Lima ganaron los torneos Clausura y Apertura, respectivamente. Al ubicarse también en las dos primeras posiciones de la tabla anual, se enfrentaron en la final para definir al campeón nacional 2023. En la final, y tras ganar por un global de 3-1 (1-1 en la ida y 0-2 en la vuelta) el cuadro crema obtuvo su vigésimo sétimo título de Primera División.
Universitario de Deportes en el año de su Centenario 1924-2024 se proclamó campeón de la Liga 1, consiguiendo un Bicampeonato luego de ganar tanto el torneo Apertura y Clausura y batiendo el record nacional en ganar todos sus partidos jugandos de local en ambos torneos. Grande hay uno solo.